A ANPEC realiza anualmente o Exame de Seleção Nacional de candidatos aos cursos de mestrado (e doutorado) em Economia oferecidos por seus Centros membros ou associados. São objetivos do Exame avaliar a qualificação acadêmica dos candidatos e fornecer aos Centros os resultados da avaliação.

Podem inscrever-se para o Exame os portadores de diplomas de graduação de qualquer área do conhecimento e estudantes universitários. Todavia, para matricular-se em um dos cursos de pós-graduação, é imprescindível a apresentação de certificado de conclusão de curso de graduação. Estrangeiros também podem participar do Exame.